현재 대통령과 장관들에 대한 내란죄는 고위공직자수사처에서 수사하고 있다. 나머지 민간인에 대해서는 경찰과 검찰에서 군인에 대해서는 군수사기관이 수사하고 있다. 대통령은 내란죄에 대해 재직 중에도 수사, 소추, 처벌될 수 있다. 경찰은 특별법에 정한 경우를 제외하면 모든 범죄에 대한 수사권한을 가지므로 대통령의 내란죄에 대해 수사권이 있다. 검찰은 부패범죄, 경제범죄, 공직자범죄, 선거범죄, 방위사업범죄 등 대통령령으로 정하는 중요범죄 및 경찰공무원의 범죄와 이와 직접 관련된 범죄에 수사권한이 있다. 내란죄는 대통령의 직권남용죄와 직접 관련이 있는 범죄이므로 수사권이 있다. 고위공직자수사처 역시 대통령의 직권남용과 그와 직접 관련된 내란죄에 대한 수사권이 있다.
고위공직자수사처의 수사대상 인물은 대통령, 국회의원, 판검사, 정무직 공무원, 광역단체장, 경무관 이상 경찰이다. 그 “가족”이란 배우자, 직계존비속을 말한다. 다만, 대통령의 경우에는 배우자와 4촌 이내의 친족을 말한다. 수사대상인 범죄 중 “고위공직자범죄”란 고위공직자로 재직 중에 본인 또는 본인의 가족이 직권남용, 뇌물 등 공무원의 직무에 관한 죄, 공문서위조, 횡령과 배임, 변호사법, 정치자금 등 다양하다.
권한을 보면 판사, 검사, 경무관 이상 경찰공무원에 대한 기소와 공소유지가 가능하지만 나머지 대상자에 대해서는 수사 업무만 담당할 뿐 공소 제기와 유지, 형 집행 업무는 기존 검사에게 맡겨져 있다. 수사규칙에 따르면 기소권한이 없는 경우 검찰에 공소제기를 요구할 수 있다.
다른 수사기관에 대해 우월적인 지위를 갖는 경우가 있다. 수사처의 범죄수사와 중복되는 다른 수사기관의 범죄수사에 대하여 처장이 이첩을 요청하는 경우 해당 수사기관은 이에 응하여야 한다. 다른 수사기관이 범죄를 수사하는 과정에서 고위공직자범죄등을 인지한 경우 그 사실을 즉시 수사처에 통보하여야 한다. 처장은 피의자, 피해자, 사건의 내용과 규모 등에 비추어 다른 수사기관이 고위공직자범죄등을 수사하는 것이 적절하다고 판단될 때에는 해당 수사기관에 사건을 이첩할 수 있다.
첫째 공수처에 영장청구권을 인정하는 현행법률이 위헌인지 검토할 필요가 있다.헌법에 따르면 검사만이 압수수색, 체포구속의 영장을 청구할 수 있다. 문제는 검찰청 소속이 아닌 검사가 영장을 청구할 수 있는가이다. 헌법재판소 입장에 따르면 상설적인 특별검사, 일시적인 특별검사, 공수처처럼 특별법에 의해 예외적으로 검찰청 소속이 아닌 검사도 영장을 청구할 수 있다.
둘째 수사대상이 판사, 검사, 경무관 이상 경찰공무원이 아닌 경우에 공수처는 기소권한이 없고 수사권한만 있는데, 이 경우에도 영장청구가 가능한지 문제된다. 공수처 검사가 기소권이 없는 사건을 수사할 경우 사법경찰관의 지위와 권한을 가지므로 영장을 직접 청구할 수 없다는 의견도 있다.
하지만 공수처법에 따르면 수사처검사는 수사와 공소의 제기 및 유지에 필요한 행위를 할 수 있으므로 수사에 필요한 각종 영장을 검찰청을 통하지 않고 직접 법원에 청구할 수 있다. 나아가 공수처검사의 자격과 대우, 신분 보장을 검사에 준하는 것으로 하면서 그 직무와 권한 등에 관하여 검찰청법 및 형사소송법을 준용하는데, 이는 검찰청 소속의 검사와 같은 지위와 권한이 있다는 의미로 해석된다. 헌법에서 검사에게 독점적 영장청구권을 인정한 취지는 사법경찰관리의 영장청구권 남용을 견제하려는 취지를 반영한 것이므로 검찰청 이외의 검사도 영장을 청구할 수 있다는 것이다.
결론적으로 공수처는 대통령에 대한 기소권은 없지만 수사권이 있으므로 독자적으로 체포영장, 혹은 구속영장을 청구하여 체포 및 구속할 수 있다. 다만 대통령의 직무가 정지된 상태이기 때문에 2차계엄 등 대통령의 권한을 행사할 수 없다는 점에서 영장이 없는 긴급체포는 불가능하다고 본다.
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